Pelaksanaan Penjaminan Mutu pada perguruan tinggi merupakan suatu kewajiban sebagaimana yang diamanahkan oleh Undang-Undang sistem pendidikan nasional dan undang-undang tentang Perguruan Tinggi. Kedua undang-undang inilah yang menjadikan dasar bagi Universitas Trunojoyo Madura (UTM) untuk melaksanakan penjaminan mutu internal.
Keberadaan penjaminan mutu internal di UTM sudah dimulai pada tahun 2005 melalui Sistem Perencanaan, Penyusunan Program dan Penganggaran (SP4) yang merupakan dana hibah kompetisi dari Dikti. Tahun 2005 tersebut merupakan proses penyusunan proposal fungsionalisasi penjaminan mutu perguruaan tinggi dengan harapan tahun 2006 dapat segera diimplementasikan penjaminan mutu dilingkungan UTM. Berdasarkan SK Rektor UTM Nomor : 131/J.Unijoyo/Kep/PR/I/2006 tentang pengelola Hibah Kompetisi Universitas Trunojoyo ditunjuklah Encik Muhammad Fauzan, S.H. sebagai Koordinator program Fungsionalisasi Jaminan Mutu Pendidikan. Salah program yang sangat penting dalam mengimplementasikan penjaminan mutu internal ini maka diadakan pembentukan sistem penjaminan mutu universitas trunojoyo dan lokakarya penyusunan perangkat Penjaminan Mutu program hibah kompetisi pada tanggal 2 maret 2006. Kegiatan ini sekaligus merupakan pencanangan dimulainya implementasi penjaminan mutu di lingkungan Universitas trunojoyo Madura yaitu dengan ditanda tangani piagam pencanangan penjaminan mutu oleh Rektor yang disaksikan oleh seluruh dekan, para ketua program studi serta perwakilan dosen dari masing-masing fakultas. Acara ini juga menghadirkan Prof. Dr. Eman Suparman, S.H., M.H dari penjaminan mutu Universitas Padjajaran Bandung.
Setelah pencanangan dimulainya penjaminan mutu di lingkungan UTM, maka tahun 2006 itu pula dilakukan pelatihan pengembangan sistem penjaminan mutu pendidikan tinggi bagi dosen yang bekerjasama dengan Kantor Jaminan Mutu (KJM) UGM. Pelatihan ini juga dilanjutkan dengan pelatihan Audit Mutu Akademik Internal pada tahun yang sama dan pelaksanaan audit akademik dimulai pada tahun 2007.
Dengan selesainya program SP4 pada tahun 2006, maka kewajiban universitas untuk secara mandiri melanjutkan program-program dari fungsionalisasi jaminan mutu pendidikan. Oleh karena itu, pada tahun 2007, dikeluarkan SK Rektor tentang Unit Penjaminan Mutu UTM dengan diketuai oleh Sdr. Encik Muhammad Fauzan, SH sampai akhir tahun 2008. Pada tahun 2009-2010, unit penjaminan mutu diketuai oleh Sdri. Isdiana Suprapti, SP., MP dan kemudian pada tahun 2011-2013, unit penjaminan mutu yang berubah namanya menjadi Pusat Jaminan Mutu diketuai oleh Dr. Elys Fauziyah